Arlequin基本簡介
Arlequin綠色版是一款專業(yè)的人類遺傳學數(shù)據(jù)分析軟件,這款軟件主要為從事醫(yī)學、生物學研究的用戶設計,可以從遺傳學和人口統(tǒng)計學數(shù)據(jù)中中挖掘信息,例如:大量的分子序列數(shù)據(jù)和傳統(tǒng)的等基因頻率,并提供了很多的方法和統(tǒng)計學檢驗,能夠滿足用戶多種遺傳學分析方便的需求!集成了單倍型頻率估計、Tajima中性檢驗、Fu中性檢驗以及遺傳距離的估計等功能。這樣就能夠準確有效的對人類遺傳學數(shù)據(jù)進行挖掘。還在等什么,對遺傳學有興趣的用戶可以通過軟件對統(tǒng)計數(shù)據(jù)中信息的挖掘,可進行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等。
Arlequin軟件特色
1.Molecular diversity(分子多態(tài)性);
2.Mismatch distribution(錯配分布);
3.Haplotype frequency estimation(單倍型頻率估計);
4.Linkage disequilibrium(連鎖不平衡:檢測不同位點上等位基因的非隨機關聯(lián));
5.Hardy-Weinberg equilibrium(哈溫—伯格平衡);
6.Tajima`s neutrality test(Tajima中性檢驗);
7.Fu`s neutrality test(Fu中性檢驗);
8.Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性檢驗);
9.Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合檢驗,檢測人群的均一性或同質性和中性選擇等);
10.Minimu Spanning Network(最小擴張樹或稱之為最小支撐樹,,基于分子差異);
11.AMOVA 分子差異度分析,用以評測人群的遺傳結構;
12.Pairwise genetic distances (遺傳距離的估計);
13.Exact test of population differentiation (檢測隨機交配群體單倍型的非隨機分布);
14.Assignment test of genotype (通過估計等位基因頻率將單個基因型分配到特定的人群中);
Arlequin更新日志
1.直接從DNA序列數(shù)據(jù)計算位點頻譜,但僅基于次要等位基因頻譜的SFS計算。
2.無法打開批處理(.arb)文件。
3.當(假設祖先等位基因0)在一個站點不存在時,SFS計算不良。
4.由arlequin和fastsimcoal2生產(chǎn)的不同SFS(主要用于基于MAF的SFS)。
5.如果文件名超過255個字符,則會出錯。
6.在arlequin日志文件中沒有提到SFS計算。
特別說明:您好,您即將使用的軟件為輔助類工具,可能會被各大殺毒軟件進行攔截和查殺,該軟件可能存在使用風險,請注意規(guī)避,如果您想繼續(xù)使用建議關閉各種殺毒軟件后使用。
附軟件包解壓密碼:www.onlinedown.net