Cytoscape官方版是一款專業(yè)高效的生物信息分析軟件。Cytoscape最新版軟件功能強大，能夠幫助用戶對網絡進行構建，用戶可以輕松整合模塊化網絡和生物科學聯(lián)系網絡圖的繪制。Cytoscape官方版能夠通過集成，分析和可視化數(shù)據(jù)來達到分析網絡的目的。 相似軟件版本說明軟件地址滿天星生產管理系統(tǒng)21218a 官方版查看思飛旅行社商務管理軟件6.25 最新版查看Shadows4.5.8699 官方版查看師資庫管理系統(tǒng)1.1 最新版查看優(yōu)毅優(yōu)家2.1.0.0 官方版查看

Cytoscape軟件功能

支持多種標準

Cytoscape支持很多標準的網絡和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導入由其他應用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點、邊和網絡上的任意屬性。例如，為您的蛋白質輸入一組自定義注釋術語，為您的蛋白質-蛋白質相互作用創(chuàng)建一組置信值。

公共數(shù)據(jù)庫客戶端

Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導入網絡和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導入網絡和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務客戶端。

互操作性

由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網絡，應用布局，或圖像導出。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性(節(jié)點/邊緣/網絡)、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風格。

布局

在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

圖像導出

您可以將網絡導出為可發(fā)布的高質量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應用程序(如Adobe **)進行修改，以進一步增強。

VizMapper

使用強大的VisualStyles自定義網絡數(shù)據(jù)顯示。在網絡上查看基因表達比和p值的疊加。 表達數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過濾網絡，以根據(jù)當前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點、共享特定GO注釋的節(jié)點，或在一個或多個條件下基因表達水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點。您可以從過濾結果中創(chuàng)建新的網絡。

檢索

從搜索窗口搜索目標節(jié)點和邊。Lucene語法支持任意復雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網絡。使用網絡管理器可以輕松組織多個網絡。而且這種結構可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網絡。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網絡(100,000+節(jié)點和邊)。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網絡/途徑模塊。根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)對網絡進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網絡，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達水平。 每個子網絡中包含的相互作用為控制觀察到的表達變化的調控和信號傳導相互作用提供了假設。在任何加載到Cytoscape中的網絡中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網絡的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質-蛋白質相互作用網絡中的簇已被證明是蛋白質復合物和途徑的一部分。蛋白質相似性網絡中的簇代表蛋白質家族。

應用管理器和應用商店

可用于網絡和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數(shù)據(jù)分析、導入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝(這是Cytoscape 3的一個功能)。

Cytoscape軟件特色

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導航和查看網絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移?？s放根據(jù)用戶想要看到的內容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

節(jié)點和邊緣列數(shù)據(jù)

交互網絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點、邊緣和網絡信息作為節(jié)點/邊緣/網絡數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫導入數(shù)據(jù)。另一個應用程序可以提供一種分析網絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數(shù)應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。

Cytoscape使用說明

一、輸入文件

支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導出圖像，樣式可以做豐富的調整，智能的選擇過濾。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點，第三列是目標節(jié)點，第二列是兩者的相互作用關系，這里的作用關系標示了不同類型，在后面的網絡設置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數(shù)字，怎樣轉換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個問題，后面解釋。

2、 node屬性文件

可以導入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡單的基因名字。

二、導入數(shù)據(jù)

可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學習，也可以直接選擇空的network用來導入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個已經做好的網絡的例子：

用戶界面

1、 導入數(shù)據(jù)

2、 導入屬性文件

3、 布局

三、高級功能

1、調整樣式

(1)基本樣式

(2)節(jié)點樣式

(3)邊樣式

2、改節(jié)點名稱

3、改邊的顏色

4、調控網絡各項指標統(tǒng)計

得到的結果會出現(xiàn)在一個新的面板當中：

5、改變節(jié)點大小

這里需要強調很重要的一點是，在對這里的改變節(jié)點大小進行操作之前，如果是想通過節(jié)點連接的邊的數(shù)量進行梯度設定的話，是必須要進行上面第四步的統(tǒng)計分析的，否則沒有Degree選項出現(xiàn)：

雙擊上面梯度設置的區(qū)域可以出來控制面板進行修改：

四、選擇過濾

1、節(jié)點的選擇

2、子網絡的選擇與分離

六、導出圖片

數(shù)據(jù)的導出可以是網絡文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標的形態(tài)，下圖所示的左側兩個是快速導入文件的圖標：

生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達分析

Cytoscape還可以導入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數(shù)據(jù)所以將網絡上學到的圖片做了幾個截圖：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫，右鍵點擊相應節(jié)點，出現(xiàn)的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫：

此外，基于大量功能強大的插件的開發(fā)，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模塊與復合物分析：jActiveModules+BiNGO

Cytoscape更新日志

1.對部分功能進行了優(yōu)化

2.解了好多不能忍的bug